Chapter-10　ヨノワール

最近突如として現れ、名が知られるようになった探険家、ヨノワールがギルドを訪れる。何かいわくありげな感じだ。
キマワリとビッパの日記が読んでいて楽しい。町でネイティオ鑑定所、お世話屋ラッキー、ガラガラ道場を発見した。順調に依頼をこなし、仲間を増やすヒヨコ隊。ドクローズはヒヨコ隊に復讐する機会をうかがっていた。

ヒヨコ隊はペラップから、カクレオンの店でセカイイチの入荷予定を聞いてくるように言われた。店で2匹はヨノワール、マリル兄弟に会う。兄弟が無くした水のフロートが見つかったそうだ。結局、セカイイチの入荷予定はないということだった。
夕食前にペラップから、また時の歯車が盗まれたという話を聞く。その頃霧の湖では、ユクシーが侵入者と対峙していた。

翌日、出動するヒヨコ隊をマリル兄弟が呼び止めた。「水のフロートを取り返したければ、エレキ平原まで来い」という手紙が届いたのだ。嫌な予感がするので、そこに向かう前に少しレベルを上げておく。お尋ね者逮捕のお礼として、初めてポケモンのタマゴをもらった。この世界のポケモンたちの倫理観が垣間見える。タマゴの出所が気になるところだ。後に孵ったそれはリーシャンで、何と催眠術などの遺伝技を覚えていた。
電気に強いナマズンとパチリスを連れ、エレキ平原へ。パチリスはHPが減ると逃げ出すため、頼りにならない。奥地に足を踏み入れると、突然わらわらと10匹近いポケモンが湧いて出た。モンスターハウスだ！恐怖以上に闘志が燃え上がる！劣勢に追い込まれ、ナマズンとパチリスが倒されたものの復活の種で甦り、何とか敵を全滅させることができた。
最深部で水のフロートを見つけたが、レントラー率いるルクシオ一族に取り囲まれてしまう。問答無用で戦闘になり、ヒヨコ隊はパチリスが倒されたものの、辛くも勝利することができた。レントラーは最後の力を振り絞り、電撃を放った！
それを受け止めたのが、マリル兄弟から話を聞き、駆けつけたヨノワールだった。彼はレントラーを説得し、引き下がらせた。犯人のドクローズは、ヨノワールにかなわないと見るや、逃げていった。

シィとアチャモ、ヨノワールの3匹は海岸に来た。シィは過去や未来が見えること、自分は元は人間で記憶喪失であることを話した。ヨノワールは不思議な能力のことを「時空の叫び」だと言った。それ以上のことはわからないと言うが、その顔はかすかに笑っているように見えた。やはり何か知っている……

Chapter-11　盗賊ジュプトル

ギルドメンバーに招集がかかった。霧の湖の時の歯車が奪われたという。傷を負ったユクシーの証言によると、犯人はジュプトルというお尋ね者だ。
「たあ――――――――――――っ！！」
怒りのプクリンは、ギルドの名にかけて犯人を捕らえることを宣言する。メンバーは分かれて時の歯車を探すことになった。ヒヨコ隊は北の砂漠を担当する。
砂嵐が吹く階層があり、歩くたびにダメージを受ける。岩・地面・草ポケモンを倒し、何とか底に着いたが、そこには流砂があるだけだった。なぜか霧の湖と同じ感覚がした。
ギルドに戻る。結局、時の歯車の探索は全員が空振りだった。作戦の練り直しだ。

翌日、シィはアチャモに流砂があった場所をもう一度調べてみようと言い出す。ヒヨコ隊は流砂の地へ向かう。
秘密の滝のことを思い出し、2匹は流砂に飛び込む。その先には洞窟があった。ナマズンとヨーギラスを失いながらも最深部を抜け、美しく光る地底の湖を見つける。時の歯車だ。
それに近づこうとしたとき、エムリットが現れた。彼女は2匹を霧の湖を襲った犯人だと思い込み、襲いかかってきた。睡眠の種と邪悪な種を投げつけ、速攻でエムリットを倒した。
そこにジュプトルが現れる。ジュプトルは戦闘で消耗していたエムリット、シィ、アチャモを軽くあしらい、時の歯車を奪っていった。その瞬間、時間が停止し、3匹は急いで洞窟を脱出した。

Chapter-12　残された可能性

ヒヨコ隊はギルドに戻ってきた。ヨノワールは、三神の残り1匹・アグノムが守る湖に時の歯車があると考え、その場所を探して先回りすることを提案する。そして、先の調査でビッパが水晶の洞窟から持ち帰った水晶から、シィが何か読み取れないか試させた。彼女は全員の前で能力を使い、時空の叫びを聞く。それはアグノムらしきポケモンがジュプトルに倒され、時の歯車を奪われるというものだった。皆で水晶の洞窟に向かう。

水晶の洞窟の奥底には、3本の色の違う水晶が立っていた。それは触れると色が次々と変わる。シィが時空の叫びをヒントに3本の色を青に揃えると、地面から巨大な水晶の塊がせり上がった。そこに開いた入口から中に入る。アブソルが多数出てきた。早く仲間にしたいものだ。
大水晶の道を抜けると、巨大に地底湖に突き当たった。水晶の湖だ。湖の一点が光を放っており、その近くにポケモンの影が見える。ジュプトルはアグノムを倒し、今まさに時の歯車を奪おうとしていたのだった。
しかし、アグノムは湖に水晶を張り巡らし、歯車に触れられないようにした。ジュプトルがアグノムに襲い掛かろうとしたとき、ヒヨコ隊が駆けつける。睡眠の種と邪悪な種を使い、さっさと叩きのめしたにもかかわらず、ジュプトルは何事もなかったかのようにヒヨコ隊を一蹴してしまった。ゲーム的な都合とはいえ、理不尽だ！体は動かず、声も出ない！
更なるジュプトルの攻撃を止めたのは、ヨノワールだった。彼はジュプトルのことを以前から知っている様子だった。ジュプトルは光の中に消え、ヨノワールも姿を消した。時の歯車は守りきったものの、二度までもジュプトルを逃がしてしまった。ヒヨコ隊とアグノムは、駆けつけたギルドの仲間たちによって救出された。

Chapter-13　ヨノワールの秘密

ジバコイル保安官から緊急連絡が入った。トレジャータウンの広場に集まったギルドのメンバーと町のポケモンたちを前に、ヨノワールは話し始める。ジュプトルが未来から来た指名手配中のポケモンであり、その目的は、時の歯車を奪って星を停止させ、世界を破滅させること。そして、彼自身もジュプトルを捕らえるために未来から来たのだという。
アグノムの発案で、彼ら3匹が囮となってジュプトルを水晶の湖に誘い出し、ヨノワールが捕獲することになった。まだ何か隠していることがありそうな雰囲気だ……
ギルドは通常の業務に戻った。水晶の洞窟を覗きに行ったが、アチャモに止められ、中に入ることはできなかった。

3日後、ジュプトルの捕獲に成功し、時の歯車も全て取り返したとの連絡が入った。未来に帰るヨノワールに別れを言うため、急いで広場に向かう。そこには未来の世界へとつながる時空ホールが口を開けていた。
ジュプトルを連行したヨノワールが現れた。これで世界の平和は守られるというヨノワールに対し、ジュプトルは何か言おうとしているが、口を縛られ、話すことができない。時空ホールにジュプトルを押し込み、シィとアチャモを呼んで最後の別れを言うヨノワール……
そのとき、彼は手を伸ばし、2匹を時空ホールへと引きずり込んだ！

Chapter-14　未来世界へ

ヨノワールはディアルガにジュプトル捕獲を報告する。目を覚ましたポッチャマとアチャモは、牢に閉じ込められていた。ヤミラミたちが現れ、目隠しをされた2匹はどこかへと連れて行かれた。
目隠しが外された。シィとアチャモ、そしてジュプトルは柱に縛り付けられていた。ヨノワールの指示で、ヤミラミたちは3匹の処刑にかかる。動きがヒーロー物の戦闘員のようだ。ジュプトルは小声で2匹に脱出する方法を伝える。
ヤミラミの乱れひっかきを耐え、ロープに亀裂が生じた瞬間を見計らい、攻撃を加えてロープを切断する。ジュプトルが目くらましの光の玉を使い、3匹は脱出した。

3匹は走り続け、外に出た。そこは全ての物体が停止した暗黒の世界だった。ジュプトルは、未来の世界では星が停止してしまったのだと言った。彼のことが信用できないというアチャモに対し、ジュプトルは1人先に洞窟に入った。迫る追手から逃れるため、2匹もそこに飛び込む。
空間の洞窟は誘爆を持つ、フワンテ・フワライドが凶悪だ。ジュペッタがやたらと鬼火を使ってくるため、水に入って消火する。暗闇の丘を抜ける。シィは、尊敬していたヨノワールに欺かれ、悩み苦しむアチャモを元気づけた。
封印の岩場を抜けると、そこにはジュプトルが倒れていた。ミカルゲとの戦闘になる。シィはミカルゲに呪いをかけられたが、睡眠の種で眠らせ、バブル光線と塩水で倒した。案外硬くない。ミカルゲは要石の中に引っ込み、逃げていった。その様が妙にかわいらしい。

Chapter-15　星の停止の真実

アチャモたちがいた過去の世界で、ディアルガが司る次元の塔が壊れたのをきっかけに少しずつ時が壊れ始め、やがて星の停止を迎えた。その影響でディアルガは暴走し、未来の世界ではほとんど意識もない、暗黒に支配された闇のディアルガと化していた。ジュプトルは星の停止を防ぐために過去へ行き、時の歯車を集め、次元の塔を元に戻そうとしていた。ヨノワールはディアルガが送り込んだ、彼の命を狙う刺客だった。それがジュプトルが話した真実だった。
混乱するアチャモに対し、シィは冷静かつ論理的に考えている。アチャモを諭すジュプトルがかっこいい。

3匹は黒の森の入口に来た。ここに時渡りを使うセレビィがいるという。なぜか、シィにはこの場所を知っているような感覚があった。森の奥地でジュプトルが声をかけると、ピンク色をしたセレビィが現れた。性格が高飛車お嬢様系だ。しかも、密かにジュプトルのことを想っているらしい。彼女の案内で、時渡りに使う時の回廊に向かう。

森の高台を抜け、時の回廊の扉を開けようとしたとき、シィたちの前にヨノワールとヤミラミたちが立ちはだかった。迎え撃とうとする4匹だったが、そこに現れた闇のディアルガの姿を見、戦うことを諦める。ジュプトルは例え自分が倒れても、過去に向かったもう1人が必ず使命を全うすると言った ―― その名は「シィ」！彼の親友である人間だ。
驚くシィとアチャモ。ヨノワールは高笑いした。ヨノワールはシィの話から彼女がそのもう1人であることに気づき、ジュプトルともども一網打尽にする機会を狙っていたのだった。
最早これまでというとき、4匹は時渡りで逃れたが、ディアルガの力で引き戻されてしまった。セレビィが身を挺し、3匹は時の回廊に飛び込んだ。