主人公

ハカセ（エメラルド主人公♀、がんばりやな性格）
ポケモン研究者。15歳。最初のポケモンはヒトカゲ。明るく優しい性格だが、バトルのときには激しい一面も見せる。研究に没頭するあまり、まわりが見えなくなることも。ポケモンの発する気に敏感。
ジムリーダーとして単身赴任中の父・センリといっしょに暮らすため、カントーから引越してきた。ポケモン図鑑の完成を目指してホウエンを旅する。

ポケモンたち

キラリン（カガヤキより改名、色ちがいのアチャモ♂、せっかちな性格）
Lv.5のとき、101番道路でオダマキ博士から譲り受けた。炎タイプらしく熱い性格で、ハカセのポケモンたちをまとめるリーダー的存在。その小さな体に似合わぬ強力な大文字が得意技。炎と格闘の技を駆使して戦うミニバシャーモ。

エレナ（ポチエナ→グラエナ♀、陽気な性格）
Lv.3のとき、101道路でゲットされた。秘密の力担当。シンプルな力押しが得意。

ミリア（ジグザグマ→マッスグマ♀、陽気な性格）
Lv.2のとき、101番道路でゲットされた。物拾い＆岩砕き担当。素早さを生かした先制攻撃がウリ。

トッド（キノココ→キノガッサ♂、陽気な性格）
Lv.5のとき、トウカの森でゲットされた。捕獲＆フラッシュ担当。補助技を多用し、じわじわと相手の体力を削るのが得意。

ピカ（ピチュー→ピカチュウ♂、ひかえめな性格）
Lv.5のとき、伝説のピカチュウに導かれるようにトキワの森で生まれた。波乗り担当。電気玉を利用した強力な電撃に加え、水と炎の三つの力をあやつるオールラウンドプレイヤー。

ジョシュ（チルット→チルタリス♂、うっかりやな性格）
Lv.5のとき、17番道路で生まれた。捕獲＆空を飛ぶ担当。最初は空を飛ぶのがあまり得意ではなかったが、進化してからはハカセを背に乗せ、自由に大空を飛べるようになった。みねうちと歌うを使い、ポケモンゲットにも活躍する。

テンペスト（アブソル♀／姉、陽気な性格）
ブラースト（アブソル♂／弟、陽気な性格）
Lv.5のとき、117−118番道路で100匹の兄弟とともに生まれた。ハカセへの思慕の念に厚く、彼女のことを守るためには、自分の命をかけることすらいとわない。その強大なパワーをもって敵を粉砕する。2頭そろっての同時攻撃が得意。

マーチン（マリル→マリルリ♂、素直な性格）
Lv.5のとき、104番道路でゲットされた。ダイビング＆滝登り＆怪力＆岩砕き担当。

ランス（キモリ→ジュプトル→ジュカイン♂、穏やかな性格）
Lv.30のとき、トモカから預かった。冗長な戦いを良しとせず、勝負を一瞬で決めるさまは剣士の風格。技の切れ味で勝負する速攻型だが、なにやら秘密があるらしい。

アグル（ミズゴロウ→ヌマクロー→ラグラージ♂、のんきな性格）
Lv.29のとき、モモカから預かった。のんびりとしたマイペースな性格。高い防御力で相手の攻撃を耐えつつ、着実に反撃する防御型。

ダイナ（ヒノアラシ♂、臆病な性格）
Lv.5のとき、118番道路で生まれた。争い事を好まず、バトルもあまり得意ではない。

マライア（ナックラー♀、せっかちな性格）
Lv.5のとき、117番道路で生まれた。気が短く、ケンカっぱやい性格。バトルがだいすき。

モリー（ドンメル♀、勇敢な性格）
Lv.14のとき、112番道路でゲットされた。責任感が強いタイプ。

その他の人々

トモカ（ルビー1主人公♀、おっとりした性格）
ポケモントレーナー。14歳。モモカとは姉妹。最初のポケモンはアチャモ。お人よしな性格で、ハカセの頼みをこころよく引き受ける。主力ポケモンはルー（チルタリス♂）、ナイトー（サーナイト♀）、アッザム（メタグロス）など。

モモカ（ルビー2主人公♀、やんちゃな性格）
ポケモントレーナー。11歳。トモカとは姉妹。最初のポケモンはアチャモ。姉とは逆に、頼まれたらイヤという性格。主力ポケモンはアチャーモ（アチャモ♂）、ロミオ（ロゼリア♂）、ナルシス（ミロカロス♂）など。

ニャース（サファイア主人公♂、のうてんきな性格）
ロケット団のしたっぱ。年齢不詳。ボスからロケット団ホウエン進出の命を受け、たった一人で海を渡ってきた。主力ポケモンはムサシ（ハブネーク♀）、コジロウ（ノクタス♂）、サカキさま（ジュカイン♂）など。